Nel corso dei secoli, le pareti della Basilica Inferiore furono decorate ad affresco.

In particolare agli inizi del '600 vi furono raffigurate le storie di S. Francesco ad opera di un artista locale.

Gli interventi di restauro compiuti nei primi decenni del '900 secondo la logica del Purismo portarono alla completa distruzione di queste opere giudicate di scarso valore. Rimasero sulle pareti soltanto pochi frammenti di età medioevale, tra cui questa Madonna in trono, del secolo XIV.